Facture électronique auto‑entrepreneur : comprendre vos obligations et s’y préparer
La facturation électronique marque une étape importante dans la modernisation de l’économie française. Ce système, qui était auparavant utilisé surtout pour les échanges avec l’administration (Chorus Pro), va devenir progressivement obligatoire pour toutes les transactions entre entreprises privées. Pour les auto‑entrepreneurs, la facturation électronique n’est pas qu’une simple formalité : c’est un véritable changement dans la manière de gérer leur activité au quotidien.
Qu’est-ce qu’une véritable facture électronique ?
1. Un document hybride et structuré
Une facture électronique est un fichier de données structuré selon des normes précises (comme le format Factur-X, l’UBL ou le CII). Elle combine deux éléments :
- Un visuel lisible par l’humain (ressemblant à une facture classique) ;
- Un fichier de données (XML) lisible automatiquement par les systèmes informatiques de vos clients et de l’administration fiscale.
Ainsi, une facture envoyée en pièce jointe d’un e-mail au format PDF « simple » n’est pas une facture électronique au sens de la nouvelle réglementation.
2. Le rôle du cachet électronique
La facture électronique doit garantir trois éléments essentiels : savoir qui l’a émise, s’assurer que son contenu n’a pas été modifié, et pouvoir la lire dans le temps. Pour cela, elle doit obligatoirement passer par une plateforme agréée, qui sécurise et valide le document lors de son envoi.
Concrètement, pour un auto-entrepreneur, cela signifie qu’il ne sera plus possible d’émettre des factures depuis Excel ou Word. Il faudra utiliser un logiciel conforme, capable de sécuriser, transmettre et conserver les factures selon les règles en vigueur.
Le calendrier de la réforme
Le déploiement est progressif pour permettre aux petites structures de s’adapter sans rupture d’activité.
Septembre 2026 : L’obligation de réception
Dès le 1er septembre 2026, tous les auto-entrepreneurs, même ceux non assujettis à la TVA, devront être en mesure de recevoir des factures électroniques de la part de leurs fournisseurs comme avec Indy. Vous devrez donc avoir choisi une plateforme de réception officielle.
Septembre 2027 : L’obligation d’émission
C’est l’étape cruciale. À cette date, vous devrez émettre toutes vos factures vers vos clients professionnels (B2B) via le portail officiel ou une plateforme partenaire.
Cas particulier du e-reporting
Si vous facturez des particuliers (B2C) ou des clients à l’étranger, vous n’émettez pas de facture électronique via le circuit classique, mais vous êtes soumis au e-reporting. Cela consiste à transmettre à l’administration le montant de vos ventes et de la TVA collectée de manière dématérialisée et automatisée.
Les auto-entrepreneurs sont-ils concernés par la facturation électronique ?
Les auto-entrepreneurs concernés par la réforme
Tous les micro‑entrepreneurs assujettis à la TVA sont concernés par la réforme, y compris ceux qui bénéficient de la franchise en base de TVA.
⚠️ Il est important de ne pas confondre :
- Assujetti à la TVA = vous êtes dans le périmètre de la réforme et devez respecter les obligations de facturation électronique pour vos échanges B2B ;
- Non assujetti = particuliers, associations ou clients étrangers, pour lesquels la réforme ne s’applique pas directement, même si certaines obligations de e‑reporting peuvent rester.
Cas particulier des activités exonérées
Certaines activités ne sont pas concernées par l’émission de factures électroniques car elles sont exonérées de TVA par nature, par exemple :
- Soins médicaux et paramédicaux (médecins, infirmiers, kinés, sages-femmes…) ;
- Activités d’enseignement et de formation ;
- Activités agricoles et de pêche ;
- Certaines prestations spécifiques (services postaux, travaux sur monuments historiques, sépultures, etc.) ;
- Organismes à but non lucratif.
En revanche, même si elles n’ont pas l’obligation d’émettre des factures électroniques, ces activités devront être en mesure d’en recevoir dans le cadre de leurs échanges avec d’autres entreprises.

